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Vorlesung Grundlagen der Bioinformatik

Dozent Prof. Daniel Huson
Übungen Prof. Daniel Huson, Juliane Damaris Klein, Jonas Müller und Max Schubach
Termin 12.04. - 15.07.2010
Vorlesungen Montags16 (ct)-18h,  A301, Sand 1; Donnerstags 15(ct)-17h, Kleiner Hörsaal Sand 6/7
Übungsgruppen Gruppe Jonas Müller: Mi, 13-15h, Hörsaal 1 (Sand 6/7). Gruppe Max Schubach: Mi 14-15h, Seminarraum 1 (Sand 6/7) und Do 14-15h, Seminarraum 2 (Sand 6/7).
Modulzugehörigkeit BSc Bioinformatik, Grundlagen der Bioinformatik
Klausuren
7.6. und 19.7.

 

Inhalt und Skript:

In der Vorlesung "Grundlagen der Bioinformatik" werden wichtige Grundprobleme der Bioinformatik vorgestellt.

 

Date Topic
12 April 2010
1. General introduction (inkl. Festlegung und Einteilung der Übungen)
15 April 2010
2. Pairwise alignment
19 April 2010
   Pairwise alignment, Fortsetzung
22 April 2010 3. BLAST and FASTA
26 April 2010
4. Multiple sequence alignment
29 April 2010
   Multiple sequence alignment, Fortsetzung
3 May 2010x
   Multiple sequence alignment, Fortsetzung
6 May 2010
5. Phylogeny
10 May 2010
   Phylogeny, Fortsetzung
13 May 2010
  frei
17 May 2010
   Phylogeny, Fortsetzung
20 May 2010
   Phylogeny, Fortsetzung
24 May 2010
  frei
27 May 2010
  frei
31 May 2010
6. RNA secondary structure
3 June 2010
  frei
7  June 2010
Klausur I (über Kapitel 2-6)
10 June 2010
7. Protein secondary structure
14 June 2010
    Protein secondary structure, Fortsetzung
17 June 2010
    Protein secondary structure, Fortsetzung
21 June 2010
8. Protein tertiary structure   
24 June 2010
    Protein tertiary structure, Fortsetzung
28 June 2010
9. Sequencing
1 July 2010
10. Microarrays
5 July 2010x
11. HMMs
8 July 2010x
     HMMs, Fortsetzung
12 July 2010
12. Gene finding
15 July 2010
 frei zur Klausurvorbereitung
19 July 2010
 Klausur II (über Kapitel 7-14)

 

Übungsblätter

Aufgabenblatt 1

Aufgabenblatt 2, Daten

Aufgabenblatt 3

Aufgabenblatt 4, Daten

Aufgabenblatt 5

Aufgabenblatt 6, Daten, Update1, Update2

Aufgabenblatt 7

Aufgabenblatt 8, Daten

Aufgabenblatt 9

Aufgabenblatt 10, Daten

Aufgabenblatt 11

Aufgabenblatt 12, Daten


Prüfungsmodalitäten:

Diese Veranstaltung hat einen Leistungsumfang von 8 LP, Sie müssen also ca 8x30=240 Stunden Arbeitsaufwand einplanen. Teilnahme an den Übungen ist Pflicht. Übungsaufgaben können in Gruppen von bis zu zwei Personen bearbeitet und abgegeben werden. Die Anzahl der erreichten Punkte und die Mitarbeit in den Tutorien werden benotet. Diese Note macht 1/3 der Abschlussnote aus. Es gibt zwei Klausuren, die in der Mitte und am Ende der Vorlesung geschrieben werden. Diese machen jeweils 1/3 der Endnote aus.

 

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